Gitで特定のファイルを管理対象外にするには、git rmコマンドを使います。
ローカルディレクトリからもGit管理対象からも削除する
> git rm ファイル名これで完全にファイルが消えます。
ワーキングツリーからもインデックス（ステージングエリア）からも消えます。
ローカルのファイルは残す
> git rm --cached ファイル名これでGitの管理対象からファイルを削除し、ローカルには残します。
インデックスから削除されて、ワーキングツリーに残る状態です。
ディレクトリごと消す
> git rm -rf ディレクトリ名これでディレクトリと、その中のファイルを全て削除します。
以上です。